En 1809, conoció a Mary Morton, de 17 años, con quien se casó.20 de febrero del mismo año en Macao, quien le dio tres hijos: James (nacido el 5 de marzo de 1811, murió el mismo día), Mary Rebecca (nacida en Julio 1812) y John Robert (nacido el17 de abril de 1814).
El día de su boda, Robert Morrison fue nombrado traductor de la Compañía Británica de las Indias Orientales con un salario de 500 libras esterlinas al año. Su dominio del idioma chino ya fue reconocido por estos astutos empresarios, quienes vieron su valor en sus negociaciones comerciales. Este puesto finalmente le permite tener algo de seguridad y poder seguir trabajando. Su posición en la empresa, sin obstaculizar el desarrollo de su labor misionera, que sigue siendo su prioridad, le permite mejorar su chino, aumentar sus contactos con los chinos y moverse con mayor libertad.
Sin embargo, tuvo que regresar a Cantón solo, ya que las mujeres extranjeras no podían residir allí. El mar entre Macao y Cantón está infestado de intrépidos piratas, cada viaje es una fuente de angustia. Mary Morrison lo sufre aún más porque no tiene más apoyo que su marido. Las cartas desde Inglaterra son escasas, los residentes ingleses y estadounidenses están más preocupados por los negocios que por los asuntos espirituales, y los chinos a veces se oponen a los Morrison. Por otro lado, sus ayudantes chinos lo roban con frecuencia.
Sin embargo, Robert Morrison completó su gramática china en 1812 y la envió a Bengala para que se imprimiera. Por razones desconocidas, no se entera de ello durante tres años de angustia, pero finalmente está bien impreso y se convierte en una obra de referencia. Morrison luego imprime un folleto y un catecismo. Tradujo el libro de los Hechos de los Apóstoles al chino e hizo imprimir mil copias localmente a un precio elevado, lo que confirmó la viabilidad de imprimir sus obras localmente. Luego traduce el Evangelio de Lucas que también está impreso. El obispo católico de Macao, habiendo obtenido una copia, lo hizo quemar como libro herético . La Compañía aumenta los honorarios de Morrison a £ 1,000 por año. También publica en inglés una colección de traducciones de la literatura popular china titulada Horae Sinicae .
Las autoridades chinas se conmueven cuando algunas de las obras impresas por Robert Morrison caen en sus manos. Luego se publicó un edicto que prohibía la impresión y publicación de libros cristianos en chino bajo pena de muerte. Morrison envió una traducción de este edicto a Inglaterra, asegurando a los fideicomisarios de la Sociedad Misionera de Londres que tenía la intención de continuar su misión con determinación. Su puesto en la Compañía de las Indias Orientales indudablemente le proporcionó cierta protección, y también fue autor de una gramática y un diccionario que no eran publicaciones cubiertas por el edicto. Sin embargo, este edicto hizo que la instalación de otro misionero en Cantón fuera bastante peligrosa cuando la Sociedad Misionera de Londres envió al Reverendo William Milne y su esposa a China .
La 4 de julio de 1813, estos llegan a Macao. A pesar de todos los esfuerzos que Morrison había podido desplegar, cinco días después de su llegada, el gobernador les notificó su decisión: tenían ocho días para partir. Los chinos no solo se habían opuesto con vehemencia a su instalación, sino que también el obispo católico había exigido su expulsión. Los cautelosos residentes ingleses de Macao no habían intervenido por temor a que sus intereses comerciales se vieran afectados. Mientras sus esposas permanecen en Macao, William Milne y Robert Morrison luego se establecen en Canton, esperando el próximo movimiento de las autoridades. Morrison aprovecha la oportunidad para ayudar a Milne a aprender chino.
Robert Morrison bautiza a su primer converso el 14 de mayo de 1814, siete años después de su llegada a China. En el mismo año, la Compañía de las Indias Orientales comenzó a imprimir el Diccionario chino de Morrison, comprometiendo £ 10,000 para el trabajo y utilizando su propia impresora, Peter Perring Thoms, así como una imprenta que hizo, proveniente de Inglaterra. La Sociedad Bíblica votó dos subvenciones de 500 libras cada una para cubrir el costo de impresión del Nuevo Testamento. Uno de los directores de la Compañía de las Indias Orientales también legó a Morrison 1.000 dólares chinos para la propagación de la religión cristiana. Gastó este dinero imprimiendo una edición de bolsillo del Nuevo Testamento. La edición anterior tenía un tamaño inconveniente, lo que no era un defecto menor en el caso de un libro prohibido, susceptible de ser incautado y destruido por las autoridades. A partir de entonces, muchos chinos pudieron llevarse de Cantón al interior de China uno o más ejemplares de este libro escondidos en su vestido o entre sus pertenencias. Enferma, Mary Morrison fue enviada a Inglaterra con sus dos hijos. Durante seis años, su marido tendrá que trabajar en soledad. También en 1814, completó su traducción al chino del Génesis . en 1815, publicó simultáneamente su gramática china y la primera parte de su diccionario chino (el último de los 6 volúmenes se publicará en 1823).
En 1817, la Universidad de Glasgow otorga a Robert Morrison un doctorado honoris causa en teología. El mismo año, acompaña a Lord Amherst en un viaje diplomático a Beijing, lo que le permite descubrir finalmente China desde adentro. En 1819, se publicó la traducción al chino de la Biblia completa. Algunos de los libros del Antiguo Testamento se tradujeron con la ayuda de Milne, en particular el Libro de Job y los libros históricos .
En 1820, Morrison conoció al empresario estadounidense David Olyphant en Canton, lo que marcó el comienzo de una larga amistad entre los dos hombres. David Olyphant le dio a su hijo Robert Morrison Olyphant como su primer nombre. La 10 de junio de 1821Mary Morrison, que había regresado de Inglaterra el año anterior, murió de cólera y fue enterrada en el cementerio protestante de Macao.
